Santorinille voi matkustaa joko lentäen tai laivalla. Kreikan sisäinen lento Ateenan Eleftherios Venizelos -lentokentältä kestää 50 minuuttia. Laivamatka Ateenan Piraeus ja Rafina -satamista kestää tavallisesti 9 tuntia, mutta matkan voi taittaa myös pikaveneellä noin 5 tunnissa. Liikkuminen Santorinilla on helppoa, vaikka ei vuokraisi omaa autoa. Julkinen liikenne kattaa saaren kaikki kylät ja sen vuoroväli on tiheä. Paikallisbussit lähtevät Firasta ja ajavat joka puolella saarta. Lomailijat voivat tutkia upeaa Santorinia ja sen viehättäviä kyliä helposti julkisen liikenteen avulla.
Vaihtoehtoisesti Santorinilla voi liikkua esimerkiksi taksilla. Taksin voi tilata puhelimitse, ja ne poimivat matkustajia mistä tahansa ja vievät minne tahansa saarella. Saarella voi liikkua myös vanhanaikaiseen kreikkalaiseen tapaan, joka hauskuuttaa turisteja – aasikyydillä. Aasilla pääset perille hitaasti mutta varmasti, eikä sinun tarvitse huolehtia kyydin kustannuksista, sillä hinta on kiinteä. Jos pidät ajamisesta, löydät Santorinilta lukuisia autovuokraamoja – sekä suuret, kansainväliset nimet että pienet, paikalliset toimistot välittävät hyväkuntoisia autoja, joilla on helppo liikkua ympäri saarta. Huomaa kuitenkin, että pysäköinti on kielletty joillakin alueilla, ja että auton ratissa turvallisuus on tärkeintä. Jätä siis auto hotellille, jos aiot nauttia muutaman drinkin illallisen kera.